Bydgoskie kościoły klasztorne sióstr klarysek, ojców karmelitów i bernardynów, zgodnie z powszechnie obowiązującymi w średniowieczu regułami lokowano poza ówczesnymi granicami miasta , na zewnątrz obszaru ograniczonego murami miejskimi i Brdą z jej odnogami: Młynówką i fosami zamkową i miejską.
Dopiero o.o. jezuici ze względu na szczególną kontrreformacyjną misję wznieśli swój kościół, klasztor i kolegium w samym sercu bydgoskiego rynku (kościół jezuitów został rozebrany przez okupantów niemieckich w 1940 roku w , a w przebudowanym kolegium jezuickim mieści się obecnie bydgoski Ratusz).
W średniowieczu w chrześcijańskiej Europie głównymi centrami intelektualnymi były klasztory. Dopiero później nastąpił czas uniwersytetów. W Bydgoszczy było podobnie. Na długo przed świeckimi uczelniami klasztory męskie i żeńskie zaczęły działać i promieniować kulturą i to nie tylko religijną . W nich zakonnicy i zakonnice tworząc wspólnoty modlili się, ale także uczyli, pracowali naukowo, artystycznie, koncertowali, a nawet organizowali przedstawienia teatralne.
Przy dawnej drodze Gdańskiej w miejscu, gdzie później wzniesiono kościół Klarysek, w 1448 roku zbudowano drewniany kościół szpitalny pod wezwaniem św. Ducha. W 1522 roku postanowiono wybudować w jego miejscu świątynię ceglaną. Prace rozpoczęto w 1582 roku a zakończono w 1590 roku. Przez następne lata, do 1602 roku trwało wyposażanie kościoła.
W 1615 roku kościół przekazano siostrom klaryskom zapewne z zadaniem kontynuowania misji szpitalnej, bowiem taki szpital- przytułek siostry prowadziły do końca swej obecności w tym miejscu w budynku obecnego Muzeum przy ul. Gdańskiej 4. Świątynię rozbudowano o część zachodnią dostosowując dawny kościół św. Ducha do potrzeb rozwijającego się klasztoru. W nadbudowanej zakrystii zlokalizowano otwarty do wnętrza chór dla sióstr. W 1646 roku do południowej ściany nawy dobudowano kaplicę kapłańską ufundowaną przez burmistrza bydgoskiego Wojciecha Łochowskiego. Z 1651 roku pochodzi barokowa krata oddzielająca prezbiterium od nawy. W czasie Zaborów w XIX i XX wieku, kiedy kościół nie pełnił funkcji sakralnej kratę wykorzystano w głównej bramie Cmentarza Starofarnego, dzisiaj najstarszej bydgoskiej nekropolii przy ul. Grunwaldzkiej. Krata powróciła po wojnie do kościoła , a dla zrekonstruowanej w 1991 roku bramy cmentarnej wykonano kopię kraty z kościoła klarysek.
W I połowie XVII wieku do południowo-zachodniego narożnika kościoła dobudowano wieżę nakrytą barokowym hełmem, z której codziennie rozbrzmiewa hejnał skomponowany przez bydgoskiego kompozytora Konrada Pałubickiego.
-->> Zabytki w Bydgoszczy
Siostry klaryski funkcjonowały tu do kasaty klasztoru przez króla pruskiego w 1835 roku, po czym ostanie bydgoskie siostry przeniesiono do Gniezna. Także kościół przestał pełnić funkcje sakralne. Ołtarz boczny przeniesiono do Osielska, a ołtarz główny przekazano do Sypniewa z ,którego powrócił dopiero w 1955 roku. Po kasacie w kościele lokowano mało godne funkcje m.in. magazyny, Wagę Miejską, Zakład Oczyszczania Ulic i Latryn, wreszcie remizę strażacką ,ze stajnią. Jednak pod koniec XIX wieku kościół choć częściowo doczekał się bardziej godnej funkcji. Stał się zalążkiem organizacyjnym pierwszego muzeum bydgoskiego. Towarzystwo Historyczne Obwodu Nadnoteckiego w 1888 roku na tzw chórze panieńskim, kiedy indziej zwanym skarbczykiem zorganizowało składnicę pozyskiwanych i eksponowanych muzealiów regionalnych.
Po odzyskaniu niepodległości przywrócono świątyni funkcję sakralną , lecz już nie jako kościół klasztorny, lecz jako kościół szkolny. Wówczas, w 1922 roku kamieniarz Jakub Job wykonał obecny neorenesansowy portal według projektu poznańskiego architekta Stefana Cybichowskiego.
We wnętrzu , które pozostało klasztornie powściągliwe w doborze elementów wystrojowych na uwagę zasługuje przede wszystkim polichromowany, kasetonowy strop z XVII-XVIII wieku, obraz św. Stanisława Kostki autorstwa Leona Wyczółkowskiego, manierystyczna alabastrowa płaskorzeźba z 1595 roku, XVII/XVIII-wieczne kraty barokowe.
Obecnie, od 1997 roku kościołem zawiadują ojcowie kapucyni z prowincji warszawskiej, a dawne rozległe starannie uprawiane przez siostry ogrody klasztorne w XIX wieku zamieniono na park (obecnie Park Kazimierza Wielkiego) w którym w I połowie XIX wieku wybudowano według projektu znakomitego pruskiego architekta Karla Friedricha Schinkla gmach Rejencji Bydgoskiej ( obecnie Urząd Wojewódzki).
Kościół Klarysek (tak zwany powszechnie przez bydgoszczan) od II połowy XIX wieku nie jest już na cichych obrzeżach miejskich. Niezwykle intensywnie rozbudowujące się miasto w okresie ok. 1870- 1920 wchłonęło ten obszar czyniąc z niego epicentrum wielkomiejskiego zagospodarowania. Ciągle wzrastający ruch drogowy przyczynił się w 1971 roku do głośnych rozważań na temat przesunięcia kościoła dając miejsce nowoczesnemu skrzyżowaniu. Interesujące, a może bardziej zabawne, że w niektórych dużo późniejszych publikacjach skomplikowany technicznie proces przesuwania kościoła bydgoskiego opisywano jako dokonany....
Dzieje miasta w sposób szczególny i bardzo obiektywny można odczytać przede wszystkim z zachowanych jego historycznych kościołów. Dawne kościoły mówią o dziejach, wskazują przede wszystkim na okresy pomyślności i rozwoju miasta, ale potrafią także przypomnieć kryzysy; gospodarcze, i duchowe. Te najbardziej miejskie , kościoły farne są soczewką do przyjrzenia się duchowości miasta, jego dokonań i aspiracji. Ponadto promieniują niezwykłym ładunkiem emocji przez pokolenia składanych na kościelnych ołtarzach. Także bydgoszczanie w swoich kościołach,a przede wszystkim w Farze - Katedrze przez wieki o coś prosili, dzielili się po równo radościami i zmartwieniami, nieraz wątpili, nieraz szukali ratunku i nadziei, często dziękowali...
Zobacz również:
-->> Dookoła Śródmieścia